中医和西医是两个完全不同的体系。中医理论体系的形成和长期用草药治病的医疗实践，是跟当时我国的哲学思想密切相关的。在秦汉时期，中医的基本理论初步形成。当时的中医理论至今还闪烁着夺目的光彩，这是科学史上的一个奇迹。
一、古代的中医已经认识心脏与血液关系
我国现存比较早的一部重要医学文献是《内经》。《内经》成书在公元前三世纪左右，也就是在战国末期或者秦汉初期。它汇集了古代劳动人民长期跟疾病作斗争的临床经验和理论知识。原书十八卷，包括《素问》和《针经》各九卷，其中包含了中医的主要学说。
阴阳学说具有朴素的辩证法思想。它认为人体阴阳两个对立面的相对平衡和协调，是维持正常生理活动的必要条件。《内经》用阴阳学说来说明人体的生理规律，指导医疗实践。例如发热这种病症，它认为可以起源于阳盛，也可以起源于阴虚。
脏腑、经络学说，它在说明人体结构和器官功能方面，走在欧洲名医盖仓的前面。《素问》中叙述了消化系统和血液循环系统的功能。它认为食物经过胃肠消化和吸收以后，一部分营养贮存在肝里，主要营养被送到心脏，从心脏输送到血脉，然后再输送全身。它认为“心主身之血”、“经脉流行不止，环周不休”，已经认识到心脏和血液循环的关系。
二、望、闻、问、切四诊的出现
《内经》总结了前人诊脉的一些经验，指出脉搏和呼吸次数的比是四比一。它记载了四十四类三百十一种病症，指出预防疾病的重要性，告诚人们不要临渴掘井。
针灸铜人《内经》中详细记载了解剖学知识。它指出人死后可以解剖来观察内脏的质地、脉的长短和血的清浊等，并且记录了从咽喉到直肠的整个消化道的长度。《内经》还用不少篇幅论述了针灸，记载了九种不同用途的针灸用针。
在《内经》以后，东汉大医学家张仲景(约-)著有《伤寒杂病论》。后人把它分做《伤寒论》和《金匮要略》两书。张仲景从小喜爱读书，对医学有兴趣，在家乡跟随一个老医生学医。他看到《内经》中说：“夫热病者，皆伤寒之类也”，因此把自己写的书取名叫《伤寒杂病论》。他书中的“伤寒”二字是一切热病的总称。
张仲景在书中提出运用四诊(望、闻、问、切)分析病情，大大发展了脉学。他把伤寒病分做太阴，太阳，少阴，少阳，阳明，脈阴六类，初步具备了八纲(阴、阳、表、里、虚、实、寒、热）辨证思想。他把《内经》中的病因、脏腑经络学说，同四诊、八钢辨证联系起来，总结出多种治疗大法。后人把这些大法归纳做“八法”，就是汗、吐、下、和、温、清、补、消。
三、古代中医的成就
张仲景以后，晋代名医王叔和著有《脉经》一书，这是我国最早的脉学专著。隋唐时期，《内经》、《脉经》等书传到日本后又传到阿拉伯。
医学和药学紧密相连，不可分割。我国现存最早的药书《神农本草经》，是汉朝人假托古人神农氏所作。《山海经》中记载：
神农“尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民之所避就。当此之时，一日而遇七十毒”。
神农因而被奉为药学老祖宗。神农氏本是虚构的，他不过是代表最早开始从事农业的人。“本草”二字表明当时的药物多是草药。这些都充分说明药学和农业生产的密切关系。神农本草经记载了三百六十五种药物，分做上、中、下三品。汉朝以后药学不断发展，新编的药书也不断出现，各种药书一般仍旧沿用《本草》做书名。
唐朝的时候，由官方出面组织编修《本草》。朝廷通令全国各郡县，把所产的药物详细记录下来，并且要描绘成图，送到京城长安江总。公元年编成新修本草，图文并茂，收集药物八百四十四种，分做九类。这种官方制定的药书现在称做典，我国的新修本和比西歌最早的药典要早八百年左右。
四、唐代名医孙思邈开创食疗之先河
唐初的著名医药学家有孙思邈(-），他有句名言：
读书三年，便谓天下无病可治；及治病三年，便谓天下无方可用。
孙思邈总结了前人和自己的实践经验，著有《千金要方》和《千金翼方》等书。《千金要方》共三十卷，用脏腑、寒热、虚实分类，列证治二百三十二门，合方论五千三百多首。《千金翼方》是前书的续编。他特别强调采药的时节和处理方法，认为如果时节不对或者处理不当，那么虽有药名，终无药实。
中药图他对许多药物分别注明采摘花、茎、叶、根、果等不同部位的不同季节。他很讲究各种药物之间的相互配合。他介绍了谷、肉、果、菜等食物对疾病的医疗作用，提倡能用食物治好的病就不要吃药。
五、“五禽戏”与“麻沸散”
我国的外科学也有悠久历史，前面提到过的《内经》就对外科病的诊治有不少宝贵的论述。我国古代最有名望的外科医生是东汉和三国时期的华佗(约-)，他是世界上最早用麻醉药做外科大手术的人。他发明了一种称做“麻沸散”的麻醉药。据《史书》记载，他可以做胃肠缝合一类的腹腔外科手术；手术后在伤口敷上药膏，过四五天能够愈合，一个月左右就可以康复。
华佗非常重视预防疾病和锻炼身体。他认为，人体经常活动可以帮助消化，促进血液流通，不容易得病。华佗模仿五种禽兽的动作：虎的扑动前肢，鹿的伸转头颈，熊的伏倒站起，猿的脚尖纵跳，鸟的展翅飞翔，编了一套使全身肌肉和关节得到运动的体操，称做“五禽戏”。现在我们的体育工作者仍旧称赞和提倡这套体操。
华佗是被曹操杀害的，没有留下什么著作。他的“麻沸散”也失传了，这是我国医学上的一大损失。以后宋、元、明各代也有关于麻醉药的记载。近年来我国外科医师和麻醉师共同研究，从中医古籍里发掘出用曼陀罗花等作为手术麻醉剂，使是前书的续编。他特别强调采药的时节和处理方法没的中药麻醉药重放异彩。